胃肠外科是医院重点学科，隶属于国家级重点学科—消化疾病医疗中心，同济大学博士、硕士学位授予点，拥有博士生导师2名，硕士生导师4名。现有主任医师2位、副主任医师4位，主治医师4名，住院医师3名，其中博士9名、硕士3名，并有一支高素质的护理队伍。现胃肠外科由胃肠和肛肠两个亚专科组成，床位49张，每年开展手术1200余例。每年行胃肠道肿瘤根治手术500余例，其中腹腔镜胃肠道肿瘤根治术数量位居上海各三甲医院前列。目前，学科不仅在上海外科界有较大影响力，并准备向全国顶级专科冲刺。

专业从事胃肠道肿瘤的根治性手术治疗和综合治疗。科室在传统的开腹肿瘤根治手术基础上，以腹腔镜胃肠道手术为专业突破口，大力发展微创外科技术，打造了一支高学历、高水平、年轻化在国内有影响力的临床医学团队。科室发展上，首先继续保持腹腔镜胃肠道肿瘤根治技术上的国内领先地位，并在传统腹腔镜手术的基础上，紧跟国际“更微创、更精准”外科发展趋势，发展单孔腹腔镜技术和双镜联合精准胃肠道肿瘤切除术；大力发展代谢外科，通过腹腔镜胃肠道重建手术治疗肥胖症和2型糖尿病，对肥胖症和2型糖尿病患者达到减重和治愈糖尿病的效果；联合消化内镜中心，通过“双镜联合技术”治疗胃肠道良性肿瘤，在彻底切除肿瘤的基础上，减少创伤，并确保手术操作的精确性和安全性；开展胃癌、结直肠癌的术前多学科综合治疗和术后快速康复治疗；专业开展胃肠道肿瘤的肠内肠外营养支持治疗，提高肿瘤患者的生活质量和生存时间。